科室私自使用医疗设备违法。《医疗器械监督管理条例修正案》（送审稿）拟规定，医疗机构不得未经许可擅自配置使用大型医用设备。凡使用期满并丧失效能，性能严重落后不能满足当时需求，由于各种原因造成损坏且无法修理或无修理价值的医疗设备可申请办理报废手续。医疗设备报废，必须先由使用科室提出书面申请，说明报废原因、数量，经医疗设备科鉴定审核批准。单价一万元以上贵重设备必须经院领导审批后，方能办理报废。经批准报废的医疗设备，由医疗设备科会计办理销帐手续，建立残值帐目，档案员办理相关档案手续。凡经批准报废的医疗设备必须送交医疗设备科，进价万元以上的设备须由设备科报国有资产管理局处理。