1、报警处理：功德箱里的钱是属于公共财产，如果被盗可以向公安机关报案，让警方介入调查。警方会进行侦查、勘验、检查等操作，以尽快找到犯罪嫌疑人并追回被盗的钱款。

2、加强安保措施：功德箱被盗说明寺庙的安保措施存在漏洞。因此，需要加强安保措施，如增加监控设备、提高巡逻频率等，以防止类似事件再次发生。

3、公开透明处理：功德箱被盗会影响信众对寺庙的信任。因此，寺庙应该公开透明地处理此事，及时向信众和社会公众公布相关信息，以消除疑虑和误解。

4、设立专门的管理团队：寺庙应该设立专门的管理团队来管理功德箱，确保善款的使用和管理合规合法。管理团队应该由寺庙和佛教协会共同组成，以确保善款的使用公正透明。

5、加强宣传和教育：寺庙应该加强宣传和教育，让信众了解功德箱的意义和用途，以及如何捐赠善款等。同时，也应该教育信众如何保护自己的财物，提高安全意识。