1、特点不同：水果玉米植株较矮，分蘖力较强，果穗苞叶上有旗叶。子粒淡黄或白色，胚较大，乳熟期子实柔嫩、富含水溶性多糖、维生素A、维生素C、脂肪和蛋白质等。普通玉米栽培技术简单，具有较高的经济价值、营养价值和加工价值。

2、两者的起源不同：水果玉米起源于前哥伦比亚时期的中美洲和南美洲，中国是普通糯玉米的世界起源中心，栽培历史悠久。

3、两者的分类不同：水果玉米从含糖量上分为普通型水果玉米、超甜型水果玉米、加强甜水果玉米。超甜玉米是可以直接生食的品种。从颜色上分为：黄色、白色、双色（黄白相间）、和纯白色四种。普通玉米按照颜色可以分为白色糯玉米、黄色糯玉米、黑色糯玉米（俗称黑珍珠）、彩色糯玉米（花糯）。